Małe firmy pod lupą fiskusa – jak przygotować się na kontrole w 2025 roku

Więcej kontroli, mniej przypadków

Według danych Ministerstwa Finansów w 2024 roku wszczęto około 9,3 tysiąca kontroli podatkowych, a urzędy celno-skarbowe przeprowadziły dodatkowo blisko 7 tysięcy postępowań kontrolnych. Łączne efekty finansowe działań Krajowej Administracji Skarbowej przekroczyły 21 miliardów złotych. Zdecydowana większość spraw dotyczyła mikro- i małych firm, co pokazuje, że fiskus coraz uważniej przygląda się najmniejszym podmiotom gospodarczym.

Nowe technologie — KSeF, STIR, ZUS i GUS — współdziałają w ramach wymiany danych między instytucjami. Dla urzędników to precyzyjne narzędzie analizy, a dla firm – test spójności rozliczeń. Wystarczy kilka drobnych rozbieżności w fakturach lub JPK, by system automatycznie oznaczył przedsiębiorstwo jako „warte sprawdzenia”.

Dlatego coraz więcej właścicieli firm woli działać wyprzedzająco: porządkują dokumenty, weryfikują kontrahentów, a po wsparcie sięgają do iKsiegowa.pl – biura rachunkowego online, gdzie technologia służy nie kontroli, lecz spokojowi.

Jakie narzędzia wykorzystuje fiskus

Najważniejsze systemy wykorzystywane w 2025 roku przez organy podatkowe to:

System	Funkcja	Znaczenie dla przedsiębiorcy
KSeF (Krajowy System e-Faktur)	Centralny rejestr wszystkich faktur wystawianych w Polsce	Automatyczna analiza spójności danych; błędy mogą wywołać kontrolę
STIR	Analiza przepływów finansowych między rachunkami bankowymi	Wykrywa nadużycia i podejrzane transakcje
JPK (Jednolity Plik Kontrolny)	Zestaw plików przesyłanych do KAS	Umożliwia natychmiastową weryfikację danych z ewidencji VAT i faktur
ZUS i GUS	Rejestry danych o pracownikach i działalności	Pozwalają sprawdzić spójność między danymi podatkowymi a kadrowymi

Przykład: firma usługowa, która przez kilka miesięcy nie wystawiała faktur w KSeF, mimo aktywności w ZUS, może zostać automatycznie wytypowana do kontroli.

Najczęstsze powody kontroli w 2025 roku

Z perspektywy administracji skarbowej większość nieprawidłowości nie wynika ze złej woli przedsiębiorców, lecz z drobnych zaniedbań i braku aktualizacji procedur. Czasem wystarczy kilka pominiętych faktur, nieaktualny wzór umowy czy błędny wpis w JPK, by system analizy danych uznał firmę za „ryzykowną”. W praktyce najczęściej powtarzają się te same kategorie uchybień:

• Niespójność danych między KSeF a JPK_VAT – błędy w numeracji faktur, brak powiązań między dokumentami a deklaracjami.
• Nieuzasadnione koszty – szczególnie w zakresie paliwa, reprezentacji i delegacji.
• Błędy formalne – brak podpisów, nieaktualne dane kontrahenta, nieprawidłowe oznaczenia w ewidencjach.
• Brak weryfikacji kontrahentów – współpraca z podmiotami z tzw. „szarej strefy” lub spoza Białej Listy.

Według ekspertów Ministerstwa Finansów to właśnie mikrofirmy popełniają najwięcej błędów technicznych, które można łatwo uniknąć przy regularnym audycie księgowym.

Jak wygląda kontrola krok po kroku

Kontrola podatkowa coraz rzadziej przypomina wizytę urzędnika z teczką i pieczątką. W 2025 roku większość działań odbywa się w trybie zdalnym — urząd dysponuje już niemal kompletnym zestawem danych elektronicznych, a kontakt z przedsiębiorcą służy głównie ich potwierdzeniu. Proces kontroli można opisać w kilku etapach:

1. Zawiadomienie – urząd wysyła pismo lub wiadomość przez ePUAP z informacją o zakresie i terminie kontroli.
2. Przekazanie dokumentów – coraz częściej odbywa się zdalnie, przez KSeF, ePUAP lub zabezpieczony e-mail.
3. Analiza i pytania – urzędnicy porównują dane z JPK, faktur i przelewów, mogą poprosić o dodatkowe wyjaśnienia lub korekty.
4. Protokół – przedsiębiorca otrzymuje podsumowanie z ewentualnymi uchybieniami i ma prawo wnieść zastrzeżenia bądź dokonać poprawek.

Większość kontroli w 2025 roku przebiega więc bez fizycznej wizyty w firmie — to efekt postępującej integracji systemów i cyfrowej wymiany danych między KAS, ZUS i bankami.

Jak przygotować się do kontroli

Fiskus już nie puka do drzwi — dziś „kontrola” zaczyna się wtedy, gdy system zauważy niezgodność w danych. Zanim to nastąpi, warto samodzielnie przeprowadzić mały audyt i upewnić się, że dokumentacja firmy jest kompletna i spójna. Oto praktyczna checklista:

• Sprawdź spójność plików JPK_VAT i JPK_FA.
• Zweryfikuj kontrahentów na Białej Liście.
• Zadbaj o archiwizację e-faktur i potwierdzenia odbioru.
• Upewnij się, że umowy i rachunki są kompletne i aktualne.
• Zaktualizuj procedury wewnętrzne oraz politykę rachunkowości.

Takie działania nie zajmują wiele czasu, a potrafią uchronić przed niepotrzebnym stresem. Warto w tym zakresie korzystać ze wsparcia biura rachunkowego online, które ma dostęp do zintegrowanych systemów księgowych i potrafi szybko wychwycić niezgodności między raportami. Jeśli chcesz poznać orientacyjne koszty prowadzenia rozliczeń, sprawdź wycenę usług księgowo-płacowych – to prosty sposób, by ocenić, ile kosztuje profesjonalne wsparcie przed kontrolą.

Najczęstsze błędy przedsiębiorców

Choć przepisy zmieniają się dynamicznie, większość pomyłek wciąż ma ten sam rodowód — pośpiech, brak konsultacji i zbyt duże zaufanie do „utartych sposobów”. Kontrola nie zawsze wykrywa poważne nadużycia; częściej ujawnia codzienne niedopatrzenia, które z czasem rosną w kosztowny problem. Do najczęstszych należą:

• Brak komunikacji z księgową – zmiany w umowach lub kosztach nie są przekazywane na czas.
• Opóźnienia w wystawianiu e-faktur.
• Niepełna archiwizacja dokumentów.
• Nieświadome błędy w klasyfikacji kosztów.

Przykład z praktyki: jeden z klientów iKsiegowa.pl, prowadzący małą firmę budowlaną, zaliczył do kosztów całość wydatków związanych z użytkowaniem prywatnego samochodu. Podczas kontroli KAS urząd zakwestionował rozliczenie i nakazał korektę wraz z dopłatą podatku i odsetkami. Ten przypadek dobrze pokazuje, że nawet drobna nieścisłość potrafi uruchomić lawinę konsekwencji — i że warto mieć przy sobie księgowego, który wychwyci błąd, zanim zrobi to fiskus.

Świadome przygotowanie to spokój

Kontrola podatkowa nie jest już zaskoczeniem, lecz elementem codzienności w coraz bardziej cyfrowym systemie rozliczeń. Przedsiębiorcy, którzy dbają o przejrzystą dokumentację, terminowe faktury i bieżący kontakt z księgową, nie mają powodu do obaw — nawet jeśli fiskus przyjrzy się ich danym. W 2025 roku kluczem nie jest unikanie kontroli, lecz gotowość na nią. Porządek w dokumentach i spójność raportów stają się dziś najlepszym ubezpieczeniem przed błędami, karami i niepotrzebnym stresem.